Orion Pax e D-16 sono giovani manovali costretti a fare i più umili lavori nel mondo sotterraneo di Cybertron, pianeta in cui è proibito raggiungere la superficie. I due migliori amici, tuttavia, infrangono le regole e insieme ad altri due compagni, Elita-1 e B-127, si ribellano raggiungono la luce del sole. In superficie, incontrano un vecchio saggio che donerà loro i mezzi per raggiungere il vero potenziale che nascondono. È l'inizio del percorso che li porterà a trasformarsi da amici in acerrimi rivali, da Orion Pax e D-16 a Optimus Prime e Megatron...

Nel 2142, mentre esplorano i recessi di una stazione spaziale abbandonata, un gruppo di giovani colonizzatori spaziali si ritrova faccia a faccia con la forma di vita più terrificante dell'universo...

Lilith, una fuorilegge senza scrupoli, torna controvoglia sul suo pianeta natale, Pandora, per cercare la figlia scomparsa di Atlas, l'uomo più potente dell'universo. Per la sua missione si allea con Roland, ex mercenario; Tiny Tina, demolitrice adolescente; Krieg, il protettore di Tina, lo scienziato Tannis e il robot Claptrap...